Repozitář představuje národní úložiště obrazových dat dokumentujících herbářové položky, zejména skenů a fotografií rostlin a hub ve vysokém rozlišení, včetně doprovodných terénních fotografií a detailních snímků vztahujících se ke konkrétním exemplářům herbářových dokladů. Repozitář je určen institucím spravujícím herbářové sbírky, zejména muzeím, univerzitám a výzkumným ústavům. Poskytuje centralizované řešení pro dlouhodobou archivaci, správu a zpřístupnění obrazových dat, čímž jednotlivým institucím umožňuje využívat společnou infrastrukturu bez nutnosti samostatně zajišťovat rozsáhlé úložné kapacity a řešit technickou interoperabilitu s mezinárodními datovými systémy a agregátory. Obrazové záznamy procházejí před zveřejněním definovanými kontrolami v rámci importního procesu a následně jsou publikovány s vazbou na mezinárodní databázový systém JACQ a globální agregátor biodiverzitních dat GBIF. Repozitář současně garantuje dlouhodobou dostupnost a trvalost uložených dat a e koncipován tak, aby umožňoval další rozvoj a integraci nástrojů pro automatizované zpracování obrazových dat.

Environmentální informační systém GENASIS byl v posledních dvou desetiletích vyvíjen jako repozitář pro společnou prezentaci výzkumných dat o chemické kontaminaci jednotlivých složek životního prostředí, jako je volné ovzduší, srážky, povrchová voda, sediment či půda. Jeho hlavní předností je schopnost přijímat a harmonizovat data od různorodých poskytovatelů, provádět jejich kontrolu, čištění a transformaci do jednotné struktury, čímž se rapidně zvyšuje jejich srovnatelnost a využitelnost pro navazující analýzy. V rámci modernizace se repozitář rozšíří o nové typy matric, jako jsou lidské tkáně včetně krve či moči, a o nově sledované látky, přičemž metadatový model bude plně kompatibilní se standardy připravovanými v evropském Partnerství pro hodnocení rizik chemických látek (PARC).

Repozitář biodiverzitních referenčních dat představuje centralizované národní úložiště určené k systematickému uchovávání, správu a zpřístupnění jednoznačně klasifikovaných referenčních dat z oblasti botaniky, mykologie, protistologie a zoologie. Zahrnuje zejména vysoce kvalitní obrazová data živých organismů, jejich společenstev a detailních mikroskopických struktur (např. pylových zrn), obrazová data z biomonitoringu (např. hromadných odchytů hmyzu) a specializovaná cytogenetická data výzkumu diverzity a evoluce organismů. Repozitář poskytuje jednotné infrastrukturní řešení postavené na platformě Invenio v rámci Národní repozitářové platformy (NRP), které nahrazuje dosavadní roztříštěnost dat a nabízí kapacitně dimenzované úložiště i pro objemná data. Repozitář zajišťuje správu dat v souladu s principy FAIR, řízený přístup prostřednictvím AAI v rámci Národní datové infrastruktury (NDI) a trvalou citovatelnost uložených záznamů. Díky integraci v rámci clusteru biodiverzitních repozitářů NRP a propojení s mezinárodními iniciativami a agregátory (zejména ESFRI DiSSCo.eu a JACQ) repozitář garantuje dlouhodobou dostupnost, metodickou standardizaci a interoperabilitu národních dat na evropské i globální úrovni – a to jak pro potřeby základního a aplikovaného výzkumu (včetně trénování pokročilých klasifikačních modelů AI), tak pro ochranu přírody a prezentaci biodiverzity širší veřejnosti.

Repozitář bude představovat centralizovanou platformu pro ukládání, správu a otevřené zpřístupňování dat biomonitoringu volně žijících organismů. Bude sdružovat biodiverzitní data získaná metabarcodingovou analýzou environmentálních vzorků a data získaná pomocí průtokové cytometrie, čímž usnadní jejich dlouhodobé uchovávání, integraci a další využití. Propojením dosud roztříštěných datových zdrojů a zlepšením dostupnosti dat pro vědeckou komunitu přispěje repozitář k rozvoji výzkumu biodiverzity a posílí spolupráci a sdílení dat napříč vědními obory. Jako součást klastru biodiverzitních repozitářů „biodiversity.cz“ přispěje k hlubšímu poznání biodiverzity a jejích změn v čase.

Repozitář Expo-OmiCZ rozšiřuje systém GENASIS o ukládání dat z necíleného screeningu pomocí hmotnostní spektrometrie. Tento přístup umožňuje zachytit široké spektrum chemických látek ve vzorcích, včetně těch, které nebyly předem očekávány, a podporuje výzkum lidského expozomu. Repozitář uchovává data od surových chromatografických a hmotnostně spektrometrických záznamů až po identifikované a kvantifikované výsledky. Umožňuje jejich opakované zpracování novými analytickými metodami a budoucí propojení s genomickými a dalšími omickými daty. Reprodukovatelnost podpoří zabezpečené výzkumné prostředí a dokumentace použitých metod, parametrů a verzí analytických nástrojů. Standardizovaný metadatový model navazující na CCMM a podporující interoperabilitu s FEGA a Metabolomics Hub usnadní popis, dohledatelnost a vyhledávání dat. Repozitář podpoří otevřený přístup k dostupným datům i dohledání dat s řízeným přístupem a podmínek jejich zpřístupnění.

Tento repozitář doplňuje chybějící článek v řetězci analýzy chemických rizik, neboť pro posouzení nebezpečnosti kontaminace prostředí je nezbytné znát nejen výskyt chemických látek, ale i údaje o jejich škodlivých účincích na živé organismy. Celosvětově přitom jednotný repozitář toxikologických dat neexistuje a tyto informace jsou roztroušeny výhradně ve vědeckých publikacích. Nově budované úložiště proto ve spolupráci s evropským Partnerstvím pro analýzu chemických rizik připraví strukturu a metadatový model, které umožní systematické ukládání a sdílení údajů o toxicitě jednotlivých látek, včetně moderního konceptu takzvaných drah škodlivého účinku, jenž sleduje biologické mechanismy působení toxických látek napříč různými stresory.

Repozitář představuje centralizované národní úložiště určené k dlouhodobé archivaci, systematické správě a zpřístupnění obrazových dat a 3D digitálních modelů vědeckých zoologických sbírek. Uložené záznamy integrují jak samotnou vizuální dokumentaci sbírkových položek nejrůznějších skupin živočichů, tak související časoprostorová nálezová data o jejich výskytu. Repozitář je určen institucím spravujícím zoologické sbírky, zejména univerzitám, výzkumným ústavům a muzeím, kterým umožňuje využívat společnou infrastrukturu bez nutnosti samostatně budovat rozsáhlé úložné kapacity a řešit technickou interoperabilitu. Jednotné infrastrukturní řešení postavené na platformě Invenio v rámci Národní repozitářové platformy (NRP) nahrazuje dosavadní roztříštěnost dat a nabízí kapacitně dimenzované prostředí i pro rozsáhlé a objemné datové soubory. Repozitář zajišťuje správu dat v souladu s principy FAIR, metodickou standardizaci záznamů podle dedikovaného metadatového modelu v rámci importního procesu a jejich trvalou citovatelnost. Propojením s mezinárodní výzkumnou infrastrukturou ESFRI DiSSCo (DiSSCo.cz) a celosvětovými agregátory GBIF a GGBN garantuje dlouhodobou dostupnost, kompatibilitu a interoperabilitu národních zoologických dat na evropské i globální úrovni.

Nové úložiště je koncipováno jako centrální bod pro propojování prostorově ukotvených dat z různých vědních domén, což je klíčový předpoklad pro studium vlivu prostředí na zdraví člověka i celých populací. Jeho hlavní funkcí je umožnit integraci vrstev geografického informačního systému pocházejících z odlišných zdrojů – od map znečištění ovzduší, půdy a vody přes údaje o přírodních katastrofách a klimatických podmínkách až po socioekonomické ukazatele – do jednoho funkčního celku, který dovolí kvantifikovat environmentální rizika v konkrétních lokalitách. Součástí řešení jsou geoprocesingové služby, jež na základě zadaných prostorových souřadnic poskytnou odvozené informace ze všech dostupných vrstev, takže výstupy mohou využívat i odborníci, kteří neovládají specializovaný geografický software.