Do implementace iniciativy EOSC v ČR se může zapojit každý prostřednictvím 12 otevřených pracovních skupin. Pracovní skupiny EOSC-CZ (PS EOSC-CZ) jsou důležité, protože umožňují vytváření spolupráce mezi odborníky z různých oblastí a disciplín, kteří mají různorodé zkušenosti a znalosti v oblasti správy výzkumných dat i konkrétních oborů. PS EOSC-CZ slouží jako platformy pro diskuzi, spolupráci a řešení konkrétních problémů spojených s potřebami výzkumných komunit. Každá pracovní skupina se zaměřuje na specifický aspekt implementace iniciativy EOSC v ČR, jako jsou např. základní služby, správa citlivých dat, dlouhodobé ukládání dat, udržitelnost a další.