BioSim CZ je specializovaný výzkumný repozitář pro ukládání, publikování, sdílení a zpřístupňování strukturních a simulačních dat biomolekulárních systémů. Zaměřuje se zejména na výstupy atomistických a hrubozrnných simulací molekulové dynamiky, včetně simulačních trajektorií, souvisejících struktur a metadat, ale také na soubory predikovaných struktur biomakromolekul.

Výzkumníkům umožňuje ukládat vlastní data a získávat pro ně trvalé identifikátory využitelné v odborných publikacích. Podporuje různé režimy zpřístupnění dat, od otevřeného přístupu přes časově omezené embargo až po řízený přístup na vyžádání. Součástí procesu ukládání dat je automatizovaná extrakce a validace metadat, kontrola konzistence simulačních souborů a jejich převod do standardizovaných formátů.

Každá uložená simulace je doplněna jednotným souborem automaticky generovaných analytických přehledů, které charakterizují kvalitu, stabilitu a dynamické vlastnosti simulovaného systému. Tyto analýzy zahrnují například změny struktury v čase (RMSD), flexibilitu jednotlivých částí molekul (RMSF), poloměr gyrace či dostupnost povrchu pro rozpouštědlo (SASA). Standardizované analytické výstupy umožňují nejen přímou vizualizaci a interpretaci jednotlivých simulací, ale také jejich vzájemné porovnávání, systematické vyhledávání a souhrnné analýzy napříč nezávislými výzkumnými projekty.

Repozitář podporuje vyhledávání a propojování dat prostřednictvím standardních bioinformatických identifikátorů, jako jsou PDB ID a UniProt ID. Metadata publikovaných dat jsou automaticky předávána do evropského katalogu MDDBR.eu, který umožňuje jejich vyhledávání a objevování napříč zapojenými repozitáři. BioSim CZ uplatňuje principy FAIR a podporuje reprodukovatelnost výzkumu, interoperabilitu s existujícími biologickými databázemi a opakované využití simulačních dat, včetně jejich využití pro rozsáhlé srovnávací studie a vývoj metod strojového učení.

CzBIRD je český národní repozitář pro biologická zobrazovací data spravovaný výzkumnou infrastrukturou CzechBioImaging (CzBI). CzBIRD poskytuje komplexní platformu pro kurátorované sdílení, vyhledávání a zpřístupňování vysoce kvalitních zobrazovacích datových sad z celého spektra biologických i příbuzných disciplín, jako například: molekulární biologie, imunologie, mikrobiologie, virologie, embryologie, ale i environmentální vědy či paleobiologie, apod. CzBIRD  umožňuje komplexní práci s FAIR daty včetně tzv. "negativních výsledků", využívá mezinárodně uznávaná schémata, standardy, ontologie a kontrolované slovníky (např.: REMBI, DCAT-AP, DataCite, PROV-O, OBO Foundry, EDAM BioImaging, apod.)  a otevřené datové formáty (OME-TIFF, OME-NGFF/ZARR). CzBIRD plánuje zabezpečit mapování do BioImage Archive.

DataHub slouží jako centrální platforma Přírodovědecké fakulty Univerzity Karlovy pro sdílení, vizualizaci a analýzu geografických, zejména prostorových dat z oblastí sociální a fyzické geografie a demografie. Jeho specifikem je práce s daty v prostředí geografických informačních systémů, což umožňuje nejen jejich uložení, ale především jejich prezentaci formou interaktivních mapových aplikací, analytických panelů a prohlížeče mapových děl – tedy způsobem, který běžné datové repozitáře neumějí nabídnout. V rámci inovace dojde na vyčlenění samostatného repozitáře, napojení platformy na Národní metadatový adresář, automatizaci nahrávání dat a především k rozšíření o novou databázi podrobných demografických údajů České republiky, která nabídne harmonizovaná vysoce kvalitní data o plodnosti, úmrtnosti, migraci a struktuře obyvatelstva na různých geografických úrovních.

Tento repozitář slouží k bezpečnému ukládání, správě a sdílení obrazových a fyziologických multimodálních dat pořízených především magnetickou rezonancí, elektroencefalografií, pozitronovou emisní tomografií a počítačovou tomografií, a to jak z výzkumných studií s lidskými účastníky, tak ze studií na zvířatech. Zvláštní důraz je kladen na ochranu citlivých údajů prostřednictvím řízení přístupu na úrovni jednotlivých datových sad, přičemž různé režimy zpřístupnění – od volného přístupu přes automatizované schvalování až po ruční posouzení správcem – odpovídají různé míře citlivosti konkrétních záznamů. Repozitář bude rovněž propojen s důvěryhodným výpočetním prostředím, které umožní bezpečnou interaktivní i dávkovou práci s uloženými daty, a počítá se s exportem vybraných metadatových záznamů do evropské výzkumné infrastruktury pro neurovědy.

OmiCZ (Czech Omics Node) je budován jako bezpečný národní repozitář a platforma pro federovanou analýzu citlivých omických dat, zejména genomických, transkriptomických, proteomických a flowcytometrických. Data jsou přijímána přímo z přístrojů přes zabezpečenou bránu do důvěryhodného výpočetního prostředí (Trusted Research Environment, TRE) v infrastruktuře e-INFRA CZ, kde projdou kontrolou a standardizovaným předzpracováním. Po schválení popisu je datová sada zašifrována standardem Crypt4GH (GA4GH) a spolu s metadaty uložena do repozitáře postaveného na systému Invenio. Repozitář tak obsahuje pouze šifrovaná data a nešifrovaná data nikdy neopouštějí TRE. Nad rámec základního metadatového modelu řešíme možnosti flexibilního, sémanticky orientovaného modelu s napojením na AI pro detailní popis omických dat a jejich provenance. O přístupu rozhoduje komise pro přístup k datům (Data Access Committee), jejíž součástí je vždy i producent dat. Producent jako správce dat má nad daty plnou kontrolu a rozhoduje o nich, přičemž může velmi granulárně nastavit podmínky jejich sdílení a analýzy. Oprávnění se uděluje pro konkrétní datovou sadu a konkrétní analytický postup (workflow) formou GA4GH Visa v LS AAI. Uživatel tak nezískává surová data, ale spouští schválené analýzy uvnitř TRE. Součástí přípravy repozitáře je i potřebný právní rámec, tedy smlouvy mezi producenty dat, provozovatelem repozitáře, poskytovatelem IT infrastruktury a uživateli. V plánu je vyhledávání v datech s implementací standardu GA4GH Beacon. Hledáme také řešení pro napojení na český uzel Federated European Genome-phenome Archive (FEGA), který vzniká nezávisle.

Repozitář je oborově široký a předpokládá ukládání omických dat z různých oborů, od rostlinných přes environmentální až po medicínská. Primárním use casem je však ukládání lidských genomických dat pro účely molekulární medicíny. V tomto rámci má OmiCZ sloužit jako národní uzel vznikající evropské sítě center pro sdílení a analýzu genomických dat v rámci iniciativy 1+Million Genomes (1+MG), včetně zapojení do Genomic Data Infrastructure (GDI) a pilotů federované analýzy v projektu Genome of Europe.

Repozitář je určen pro ukládání a správu dat z oblasti chemické biologie, s primárním zaměřením na hmotnostní spektra malých molekul. Je navrhován s ohledem na různorodé požadavky výzkumných skupin, zejména v oblasti datových formátů a pracovních postupů, s cílem vytvořit flexibilní a široce využitelnou infrastrukturu.

Repozitář nemá sloužit pouze jako archiv dat, ale také jako datová základna pro navazující výzkumné projekty. Součástí jeho koncepce je úzké propojení s prostředím pro vývoj, trénování a validaci modelů strojového učení zaměřených na analýzu hmotnostních spekter. Tyto modely lze využít například pro efektivní vyhledávání spekter na základě jejich podobnosti.

Důraz je rovněž kladen na dodržování principů FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable). Metadata uložených dat budou proto zpřístupněna prostřednictvím technologií sémantického webu, které umožní jejich strojové zpracování, propojování a opětovné využití.