Bio/Health/Food
This working group integrates institutions and research infrastructures from the fields of life sciences, medicine, food and nutrition. Its objective is to establish a framework and set parameters for the implementation of EOSC in the Czech Republic.
It covers a wide range of scientific disciplines, from basic research with a systems biology approach, through translational and clinical research, new biotechnology specialisations, to food and nutrition in terms of safety and quality. It also purposefully maps the capacity of existing data resources in these fields, their metadata standards and procedures set up for managing, curating, sharing and accessing these resources.
The working group intersects with certain parts of environmental science, social science and humanities, addressing the health impact of other factors, such as the environment and its degradation or changes in socio-economic conditions. Another important collaboration is the connection with the Sensitive Data working group, which develops complex solutions to the ethical, legal and privacy requirements of data sharing in the aforementioned scientific fields.
Group Leader:
- Jiří Vondrášek, Institute of Organic Chemistry and Biochemistry of the CAS / ELIXIR-CZ
Deputy Group Leader:
- Radka Svobodová, Masaryk University
Secretary:
- Jaroslav Juráček (juracek@ics.muni.cz)
Key Activities and Main Planned Outputs of Open Science II
Key Activity 2 – Thematic Cluster Bio/Health/Food (Jiří Vondrášek)
- 2.1 Czech Omics Node (OmiCZ)
- Vojtěch Bystrý (vojtech.bystry@ceitec.muni.cz)
- 2.2 Repository for Structural and Simulation Data (BioSimCZ)
- Radka Svobodová (radka.svobodova@ceitec.muni.cz; radka.svobodova@ceitec.muni.cz)
- 2.3 Repository for Human and Animal Imaging and Physiological Multimodal Data (Imaging Repository)
- Michal Mikl (michal.mikl@ceitec.muni.cz); Jan Fousek (jan.fousek@ceitec.muni.cz)
- 2.4 Repository for Chemical Biology Data and Its Integration with the Development and Training of AI Models (MS)
- Jakub Galgonek (jakub.galgonek@uochb.cas.cz)
- 2.5 Development of the ClinData Repository and FAIRification of Data
- Michaela Bendová (michaela.bendova@upol.cz); Marián Hajdúch (marian.hajduch@upol.cz)
- 2.6 Standardisation and Establishment of Procedures for Data Storage and Access Management
- Jakub Jamárik (jakub.jamarik@med.muni.cz)
- 2.7 Development and Pilot Implementation of Tools Supporting the Development of the National Data Infrastructure (NDI), Focused on Interoperability and User Experience
- Michal Kozubek (kozubek@fi.muni.cz)
List of Working Group Members
| Surname | Name | Institution |
|---|---|---|
| Antol | Matej | Masarykova univerzita |
| Baldrian | Petr | MBÚ AV ČR, v.v.i. |
| Bartoň | Vojtěch | Masarykova univerzita |
| Bednar | David | Masarykova univerzita |
| BENDOVÁ | Michaela | Univerzita Palackého v Olomouci |
| Berka | Karel | UPOL Olomouc |
| Bouchal | Pavel | Masarykova univerzita |
| Božik | Matěj | CZU |
| Bystrý | Vojtěch | Masarykova univerzita |
| Černý | Jiří | BTÚ |
| Dědičová | Petra | FNUSA-ICRC |
| Dohnálek | Jan | Biotechnologický ústav Akademie věd České republiky, v. v. i. |
| Dohnalová | Michaela | Charles University |
| DRÁBEK | Jiří | Univerzita Palackého v Olomouci |
| Dudová | Zdenka | Masarykova univerzita |
| Dvorský | Bohuslav | České vysoké učení technické v Praze |
| Ešner | Milan | Masarykova univerzita |
| Fasurová | Naděžda | Mendelova univerzita v Brně |
| Fousek | Jan | Masarykova univerzita |
| Franková | Věra | Charles University |
| Fülöp | Jozef | Vysoka skola chemicko-technologicka v Praze |
| Galgonek | Jakub | Ústav organické chemie a biochemie AV ČR |
| Gombárová | Pavla | Ostravská univerzita |
| Grulich | Jiří | Charles University |
| HAJDÚCH | Marián | Univerzita Palackého v Olomouci |
| Haraštová | Iveta | ÚPT AVČR |
| Hecht | Helge | Masarykova univerzita |
| Heizer | Tomáš | Charles University |
| Hoksza | David | Charles University in Prague |
| Holešová | Eva | VSB - Technical University of Ostrava |
| Horvath | Ondrej | Institute of Molecular Genetics of the Czech Academy of Sciences |
| Houdová | Lucie | Západočeská univerzita |
| Houser | Josef | Masarykova univerzita |
| Hradil | Ondřej | Masarykova univerzita |
| Hrstka | Roman | Masarykův onkologický ústav |
| Imramovská | Marta | FGÚ AV ČR v.v.i. |
| Jakubíčková | Markéta | Brno University of Technology |
| Jamárik | Jakub | Masarykova univerzita |
| Jarolímek | Jan | CZU |
| Jiřík | Radovan | Vysoké učení technické Brno |
| Kacová | Radoslava | Masarykova univerzita |
| Kadeřávek | Pavel | Masarykova univerzita |
| Kapytka | Maryia | Národní ústav duševního zdraví |
| Kleibl | Zdeněk | Charles University |
| Kolářová | Kateřina | Výzkumný ústav veterinárního lékařství, v. v. i. |
| Koudelka | Vlastimil | Národní ústav duševního zdraví |
| Koutentaki | Georgia | České vysoké učení technické v Praze |
| Kovárník | Jaromír | Jihoceska univerzita v Ceskych Budejovicich |
| Kozubek | Michal | Masarykova univerzita |
| Kremláček | Jan | Charles University |
| Krzysztof Jesionek | Wojciech | Masarykova univerzita |
| Mašek | Jan | Charles University |
| Matyska | Luděk | Masarykova univerzita |
| Messerschmidt | Tomáš | Fakultni nemocnice Brno |
| Mikl | Michal | Masarykova univerzita |
| Mikšík | Daniel | Masarykova univerzita |
| Myslivcová Fučíková | Alena | Univerzita Hradec Králové |
| Pernisová | Markéta | Masarykova univerzita |
| Plešingerová | Hana | Masarykova univerzita |
| Plevová | Karla | Masarykova univerzita |
| Pokluda | Robert | Mendelova univerzita v Brně |
| Potěšil | David | Masarykova univerzita |
| Prochazka | Jan | Institute of Molecular Genetics of the Czech Academy of Sciences |
| Procházková Schrumpfová | Petra | Masarykova univerzita |
| Raček | Tomáš | Masarykova univerzita |
| Rössner | Pavel | ÚEM AV ČR |
| Rošinec | Adrián | Masarykova univerzita |
| Ruda | Miroslav | CESNET, z. s. p. o. |
| Řiháčková | Katarína | Masarykova univerzita |
| Sedlář | Karel | Vysoké učení technické v Brně |
| Sehnal | Luděk | Masarykova univerzita |
| Schätz | Martin | Charles University |
| Sixtová | Nikola | ÚFCH JH AV ČR v.v.i. |
| Snopková | Kateřina | Masarykova univerzita |
| Soldánová | Anna | KNAV |
| SPÍCHAL | Lukáš | Univerzita Palackého v Olomouci |
| Spiwok | Vojtech | Vysoka skola chemicko-technologicka v Praze |
| Srutkova | Alzbeta | Institute of Molecular Genetics of the Czech Academy of Sciences |
| Strachotova | Anna | Ústav organické chemie a biochemie AV ČR |
| Stránecký | Viktor | Charles University |
| Studnička | Filip | Univerzita Hradec Králové |
| Svoboda | Tomáš | Masarykova univerzita |
| Svobodova | Radka | Masarykova univerzita |
| Šilerová | Alexandra | Masarykova univerzita |
| Šillerová | Martina | ÚPT AVČR |
| Škuta | Ctibor | Institute of Molecular Genetics of the Czech Academy of Sciences |
| Štorková | Nela | Charles University |
| Ulman | Vladimír | Masarykova univerzita |
| Vaňáček | Pavel | Masarykova univerzita |
| Vaněčková | Libuše | Charles University |
| Vašina | Michal | Masarykova univerzita |
| Včelák | Petr | Zapadoceska univerzita |
| Vítková | Helena | Brno University of Technology |
| Volešák Francová | Pavla | Charles University |
| Vondrasek | Jiri | Ústav organické chemie a biochemie Akademie věd České republiky, v. v. i. |
| Vorsilak | Milan | Institute of Molecular Genetics of the Czech Academy of Sciences |
| Voršilák | Milan | Institute of Molecular Genetics of the Czech Academy of Sciences |
| Vrba | Zdeněk | Charles University |
| Wittner | Rudolf | Masarykova univerzita |